まずは、動作時痛ありということで、初回は上位肋椎など？APAを行ったということでよろしいでしょうか？
それを前提として、

上肢の下垂時の痛みで挙上時は痛くないということなので頚部ヘルニアタイプとして、石原先生の御指摘通り
・肩甲挙筋、大・小菱形筋のMSR
・下部僧帽筋NMF
で問題ないと思います。
もちろん金子先生の様に全体の構造を考えて腰部の施術や胸郭出口タイプの施術も含めるのもすばらしいと思います。

ここで石原先生の疑問
腰部の「椎間板ヘルニアtype」＝腰椎のストレート化に対する施術、「脊柱菅狭窄症type」＝腰椎の反り過ぎに対する施術、の様に相反する逆効果の施術をし悪化が怖いとのことですが、心配しなくても大丈夫です。
肩甲骨の位置異常の施術は
頚部ヘルニアタイプであれば「下方回旋」→「上方回旋」
胸郭出口タイプであれば「前傾」→「後傾」
となりますが、元々前傾とか下方回旋とかは単独で動くわけではなく
前傾+下方回旋
後傾+上方回旋
というセットで動きます。

実際下垂タイプで施術を進めつつ肩甲骨の見た目がかなり前傾して肩が前に突出していて「小胸筋や前鋸筋の施術もした方がいいな」と思うことは良くありますし、さらにヘルニアタイプで施術して良くはなってきたけど、指の知覚鈍麻がとれないようなケースで胸郭出口タイプに変えたら治ったりするケースも良くあります。先の金子先生の回答も「ヘルニアタイプ」と「胸郭出口タイプ」は混在していますよね。
前期のオンライン講義でも山内先生曰く「結局両方やることになる」「むしろ両方やるべき」ということなので、腰部のように「ヘルニアタイプ」と「狭窄症タイプ」を同時に行ってはいけないというようにはならないので心配しなくても大丈夫です。
このあたりの話は5回目のオンラインかリアル講義で出てくるのではないかとも思いますが・・・。

ただし症状がきつく、じっとしていても下垂で痛い場合は、まず「神経の牽引を緩める」ことを目的とした、「ヘルニアタイプ」の施術のみとした方がセルフエクササイズの指導のことを考えても早く楽になるのではないかと思います（いきなり多くのエクササイズやるように指導してもやれる人少ないと思うので）。
その上である程度緩和してから症状が残っていれば「血流の改善」を目的にした「胸郭出口タイプ」も行うようにしつつ今後の予防なども考えて腰部の施術も考慮すれば良いのではないかと思います。

とは言っても、夜間痛については胸郭出口タイプの施術も行って血液循環良くしてあげると効くのではないかという予感も少しあり・・・。
無責任な話ですがこればっかりはやってみないとわからないというレベルです。それでも前述の通り毒にはならないのでやってみるのもありだと思います。

ちなみに夜間痛の時のマクラは一般的には高めにした方が良い（頚椎の過伸展を避けて斜角筋群の伸張による緊張を緩めて腕神経叢の絞扼を防ぐ為に）と指摘される場合が多いようです。また横向寝の場合は症状のある側を上にして、胸郭出口症候群であれば肩～腕に丸めたタオルケットなどで肩枕すると良いと言われます。
ただし高さについては低めの枕の下に折りたたんだタオルを足して敷いて（敷く枚数で高さを調整）最も楽な高さをモニターしてもらった方が良いと思います。

間違ているかもしれないので参考程度に留めて下さい。発表の準備があるので本日はこの回答について返信されても応答できないので悪しからず。
動作時があれば絶対的治癒プロセスに沿って①頸部のAPAを先ず実施して、②動作時痛がなければ、頸部ヘルニアタイプに沿って、肩甲挙筋と大・小菱形筋のMCR、僧帽筋下部のNMFを実施。僕なら加えて③小胸筋と前鋸筋上束のMCR、前鋸筋下束のNMFを行って、更に腰部多裂筋のMCRとNMFを行います。　
理由は肩甲骨が前傾すると短縮している肩甲挙筋や菱形筋に持続的伸張ストレスがかかるからです。また頸部がストレート化してると頭部を前方突出している可能性が高く、結果、前中斜角挙が短縮して腕神経叢をより絞扼する可能性が高くなるからです。なので肩甲骨の上方回旋と同時に後傾も促したいです。多裂筋へのアプローチは生理的な脊柱のアライメントに近づけて頸部や肩甲帯周囲にかかる多種のストレスを緩和するためです。
ちなみに夜間痛が出現する理由は、臥位で寝てると上肢が重力で肩関節伸展することで肩甲骨が下方回旋して、更に枕で頭部伸展することで前中斜角挙の伸張が強くなることで腕神経叢の牽引と絞扼が強制されるからではないでしょうか？